金融重建基金自90年7月設置迄100年底屆期結束，共處理56家經營不善金融機構，包括90年度處理36家基層金融機構，91年度處理8家基層金融機構，93年度處理鳳山信用合作社及高雄區中小企業銀行，94年度處理新埤鄉農會信用部及中興商業銀行，96年度處理大埔鄉農會信用部、花蓮區中小企業銀行、台東區中小企業銀行及中聯信託投資公司，97年度處理中華商業銀行、寶華商業銀行及亞洲信託投資公司，99年度處理慶豐商業銀行。
96年初因金融重建基金可動用財源已不足處理花蓮企銀、台東企銀、中聯信託、中華銀行、寶華銀行、亞洲信託及慶豐銀行等7家經營不善金融機構，經主管機關援引金融重建基金管理條例及存款保險條例等規定，報奉行政院核定「金融重建基金與存款保險準備金合併運用機制」，由存保公司與金融重建基金共同分攤賠付款。
金融重建基金處理56家經營不善金融機構計依法賠付2,077億元，加計迄114年2月28日止存保公司分攤上開7家機構之賠付款計755億元，合計賠付款總額為2,832億元。
有關金融重建基金處理上述56家經營不善金融機構資產負債缺口賠付情形，請參閱「56家經營不善金融機構金融重建基金及存保準備金賠付金額統計表」。