為提供金融業優質之經營環境，政府積極研修法規架構並強化金融監理制度，包括自89年11月起陸續制定公布銀行法修正案、金融機構合併法與「金融六法」等，為我國金融機構再造工作正式揭開序幕。鑑於讓經營不善之金融機構平和順利退出市場，以消弭金融風暴於無形，為政府當前首要之務， 經參酌美、日、韓等國以公共資金挹注方式，於一定期間內適度實施全額保障存款人權益及彌補問題機構財務缺口等機制，並考量我國金融環境後，爰於90年6月27日通過「行政院金融重建基金設置及管理條例」( 以下簡稱金融重建基金條例)，並於7月9日奉總統令公布施行；復為擴大基金財源，提高基金運作效能，提報「行政院金融重建基金設置及管理條例修正草案」，該修正案於94年5月31 日經立法院三讀通過，並於94.6.22奉總統令公布施行。金融重建基金條例兼具整頓金融市場及穩定金融秩序之作用，堪稱為一項極具劃時代意義之金融改革法令。
重建基金特色
自八十九年十二月醞釀設置金融重建基金機制起，至金融重建基金條例於九十年六月二十七日獲立法院三讀通過止，歷時僅半年餘，朝野上下對設置專案基金處理問題金融機構並實施暫時性之全額保障措施迅速取得共識，且普獲產官學界與社會輿論之支持。為使該條例及其他相關金融改革法案迅速通過，立法院更史無前例在休會後，以加開臨時會之方式，一舉通過包括金融重建基金條例在內之金融六法，以行動證明我國金融改革之決心。
相較於美日等國於金融機構已發生多起倒閉並產生金融危機後，方由政府編列預算動用公共資金作事後處理，我國政府在未有多家問題金融機構倒閉前，即先行通過設置金融重建基金，以彌補存保機制無法因應系統性風險之不足，並使問題金融機構之處理因有足夠之財源而更具效率，成功消弭金融危機於無形。
主管機關-金融監督管理委員會 金融重建基金條例之主管機關為金融監督管理委員會(原行政院金融監督管理委員會)。
決策單位-金融重建基金管理會 金融重建基金之決策單位為金融重建基金管理會，負責掌理基金運用事項之審核、及金融重建基金條例第4條、第10條及第12條規定事項之核定、基金收支保管計畫之核定、基金財務報告、資金調度事項之審核，及其他有關基金管理、執行及公告事項之核定。
管理會設置委員九人至十三人，召集人與副召集人各一人，分別由金融重建基金主管機關之首長及副首長擔任，其餘派任委員，由中央銀行副總裁、行政院農業委員會副主任委員、行政院主計處副主計長、中央存款保險公司董事長擔任，並依其本職任免；另遴選委員，分別由具有法律、經濟、金融及其他與管理會辦理事項相關領域之專業學識及經驗者擔任。管理會委員具有同一黨籍者，不得超過委員總額二分之一。
執行單位-中央存款保險公司 管理會議決事項， 依金融重建基金條例第5條得委由中央存款保險公司(以下簡稱存保公司)負責執行，並將執行結果呈報管理會核定，以達專業分工目的。
財源及資金融通 基金財源包括政府金融營業稅收入及金融業者繳納之存款保險費收入。其中金融營業稅收入方面， 係包括91年至99年期間金融營業稅稅款。存款保險費收入，則為自91年1月起10年內，依89年1月1 日起調高保險費率所增加之保費收入。
在上述財源未收足前，得由存保公司向金融機構辦理特別融資、向其他金融機構墊借或發行金融債券，以為支應，並以基金之財源作為還款來源。
適用對象 依條例規定，得列入金融重建基金處理之經營不善金融機構有三類：
由於當時所有金融機構中，基層金融機構因結構性所衍生之問題較為嚴重，爰規定基金以處理基層金融機構為優先，處理時應保持形式上或實質上的同等待遇為原則。九十四年六月二十二日條例修正施行後所增加財源之百分之二十應專款作為賠付農、漁會信用部使用，不受基金設置期間之限制，該項專款應專戶儲存；其運用及管理辦法，由行政院定之。
經營不善金融機構處理原則 中華民國九十四年六月二十二日條例修正施行後，主管機關或農業金融中央主管機關處理經營不善金融機構時，該金融機構非存款債務不予賠付。但該經營不善金融機構於九十四年六月二十二日條例修正施行前，已發生之非存款債務或經主管機關核定且其募集期間跨越該修正施行日之金融債券，仍受保障。中華民國九十四年六月二十二日條例修正施行後，經營不善金融機構經主管機關依銀行法或信用合作社法規定派員監管或接管，並經基金列入處理者，其股東或社員之權利，除分配賸餘財產外，應予喪失，並由主管機關以公告方式通知各該股東或社員。至處理方式則配合現行銀行法、金融機構合併法及存款保險條例相關規定，包括：
基金之保存方式 依據金融重建基金條例規定，重建基金之資金，除依該條例第四條規定動用者外，管理會應以基金名義為下列方式保存： 一、現金。 二、存放於信用良好之金融機構。 三、購買政府債券、金融債券、銀行發行之可轉讓定期存單。 四、其他經主管機關規定之方式。
會計處理 基金在處理會計及審計事務時，應符合一般公認會計原則及審計準則，並應訂定符合上開會計原則及審計準則之制度，以為規範。
基金設置期間及結束處理 基金得將經營不善金融機構列入處理之期間，自條例施行之日起至中華民國九十四年七月十日止。
基金於中華民國九十四年七月十日後，得繼續辦理下列事項： 一、已列入處理金融機構之賠付、承受及標售。 二、收取第三條第一項第一款、第二款之稅款及保險費收入。 三、未完結資產負債之處理。 四、基金訴訟案件及其他與基金相關事項之處理。
基金於條例第三條第一項第一款、第二款之稅款及保險費停止列入時(民國一百年十二月三十一日)，應予結束。
基金結束時，依第三條第一項第一款及第二款規定列入基金財源之稅款及保險費收入，於償付基金因處理經營不善金融機構所產生負債之本金、利息及費用後，其餘資產與負債，由國庫概括承受。
造成基金損害之刑罰 為防範參加存款保險機構之負責人或職員，藉職務牟取不法利益，以致發生道德風險之虞，金融重建基金條例明訂意圖為自己或第三人不法之利益，或損害參加存款保險機構、存保公司或重建基金之財產或其他利益者，將被處以三年以上十年以下有期徒刑，並得併科新台幣一億元以下罰金。另為避免要保機構負責人或職員二人以上共同實施上述犯罪行為，爰明訂得加重其刑至二分之一，並應負連帶賠償責任，以收嚇阻之效。存保公司亦得以自己名義，代參加存款保險機構或基金向應負賠償之人，提起民事訴訟，以遏止道德風險。