本公司置董事九人，互推一人為董事長，並報主管機關備查，對外代表公司。
董事會負責審議有關存款保險政策、資本增減、預決算分派盈餘或彌補虧損、各種章則、重要契約、重要業務及其計畫、組織規程、不動產購置及處分、各單位副主管以上及相當職位人員任免、申請要保案件之准駁及對要保機構之終止承保、股東會之召集、董事長提議及其他依法或股東會賦予職權等事項。
本公司設監察人三人，由監察人互選一人為常駐監察人。負責審核各項帳目簿冊、文件及決算報告、調查業務及財務狀況、糾正違反存款保險條例及其施行細則之事項，以及其他依法賦予之職權等。
本公司置總經理一人，由董事長提經董事會同意後聘任，秉承董事會決議，綜理全公司業務，並為本公司所營業務暨本公司與他人訴訟時之代理人；副總經理一至三人，由總經理提經董事會同意後聘任，輔助總經理處理業務。
公司內部分設下列：
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- 1.風險管理處職掌如下：
- （3）與相關金融監理機關之監理資訊交流及合作事宜。
- （8）依金融監督管理委員會頒訂之「處理金融機構經營危機作業要點」協助要保機構處理經營危機事宜。
- （9）辦理要保機構申報風險差別費率評等系統風險指標資料之覆核查核事宜。
- 2.清理處職掌如下：
- （4）對併購機構或受接管、代行職權之要保機構提供財務協助。
- （5）對超過最高保額之存款債權及非存款債權辦理墊付。
- 3.特別查核處職掌如下：
- （2）辦理存款保險費基數正確性查核及履行保險責任計算賠付金額之電子資料檔案建置之查核事宜。
- （3）辦理要保機構申報風險差別費率評等系統風險指標資料之評估查核事宜
- （5）辦理履行保險責任前要保機構之資產及負債查核事項。
- （6）辦理依存款保險條例第二十四條第一項第三款規定，對要保機構與其所從屬金融控股公司、該控股公司之其他子公司或農、漁會非信用部門之查核事宜。
- （7）其他與存款保險條例第二十四條相關之查核事項。
- （8）辦理本公司內部控制及內部稽核作業相關行政事宜。
- 4. 業務處職掌如下：
- （1）辦理要保存款範圍、最高保額、風險差別費率及特別保費費率之修訂事項。
- （2）辦理費率核算、通知、覆審及保費收取等有關事項。
- （6）推動永續發展政策，落實環境保護、社會責任及公司治理（ESG）等事項。
- 5. 財務處職掌如下：
- （1）辦理總體經濟、金融商品、利率與匯率走勢之研究分析事項。
- （4）辦理向中央銀行申請特別融資或向其他金融機構墊借事項。
- （5）辦理購買併購機構發行之次順位債券或以存款方式對其提供資金事項。
- （6）辦理以存款方式對受接管、代行職權之要保機構提供資金事項。
- 6.法務處職掌如下：
- （3）相關法律文件、契約之會辦、研擬及法律問題之研議。
- （5）辦理存款保險條例第二十四條第一項第四款相關之民事責任追償及事證之查核。
- 7.國際關係暨研究室職掌如下：
- （4）從事存款保險及金融安全網相關問題之研究與有關資訊蒐集事項。
- （6）建制存款保險制度資料庫，並建立與國內外金融安全網成員之資訊共享機制。
- 8.會計處職掌如下：
- （5）各項財物採購、財產變賣、交換及報廢監辦事項。
- 9. 秘書室職掌如下：
- （8）辦理董事會、股東會、公司會報、業務改進會議之行政事項。
- 10. 人事室職掌如下：
- （6）職員待遇、福利、保險、退休、撫卹、資遣之擬辦事項。
- 11. 資訊處職掌如下：：
- （2）資訊應用系統之分析、設計、維護及相關文件編訂事項。
- （3）資訊網路之規劃、建置、運作、管理及維護事項。
- （4）各項電腦設備之建置、統籌運用、管理及維護事項。
- （6）資訊安全設備之規劃、建置、管理及維護事項。
- （7）資訊安全防護及監控作業之規劃及執行事項。
- 12. 政風室職掌如下：
- （5）機關設施之維護、安全檢查與宣導及危害事件預防、協處民眾陳情請願事項。
- 13. 中區辦事處職掌台中至嘉義地區基層要保機構（以下簡稱中區要保機構），負責執行下列之業務：
- （1）中區要保機構經營資訊之蒐集、整理、分析與控管。
- （8）協助處理其他有關中區要保機構風險管理、清理及查核事項。
- 14. 南區辦事處職掌台南至台東地區基層要保機構（以下簡稱南區要保機構），負責執行下列之業務：
- （1）南區要保機構經營資訊之蒐集、整理、分析與控管。
- （8）協助處理其他有關南區要保機構風險管理、清理及查核事項。