我國過去金融機構大部分為公營，僅有少數為民營，金融機構受到嚴格的管理， 新設金融機構與金融業務的開放又受到嚴格的管制，因此過去金融機構獲利相當穩定， 風險也不高，即使發生少數金融弊案亦由政府公權力介入處理消弭，金融安全網的重要性亦未受到重視。 及至1984年美國發生伊利諾州大陸銀行倒閉事件，引發國際金融衝擊，民國74年初國內又發生一連串金融事件， 乃促成政府於民國74年9月成立本公司，期藉透過大多數存款人的保障，協助穩定金融秩序。 

政府遷台後，大力推展國際貿易，外匯存底大量累積，致躍居世界前幾名，惟隨著外匯存底大量增加， 國內金融體系資金充沛，要求金融改革推動自由化與國際化之呼聲日高，政府遂於民國78年大幅修正銀行法， 放寬銀行營業項目並開放新銀行的申請設立，民國80年底16家新銀行陸續開業營運， 在金融大餅未大幅擴增情況下，眾多金融機構瓜分現有市場，至民國84年基層金融機構首先發生經營危機， 引發四、五十起金融擠兌事件，其後又受民國86年東南亞金融風暴影響，國內系統性金融問題浮現， 眾多問題金融機構無法退埸，政府乃於民國88年修改存款保險條例， 期讓問題金融機構透過存保機制平順地退出金融市場，以避免金融動盪，惜因存保公司過去採用自由投保， 理賠基金有限，致無力負起讓眾多問題金融機構順利退場，為安定金融秩序， 乃有民國90年金融重建基金之設立。金融重建基金係利用公共資金，來彌補存款保險理賠基金之不足， 其相關政策之制定與監督由行政院金融重建基金管理委員會負責，並由本公司負責執行辦理。 迄民國94年8月底止，已順利讓48家經營不善要保金融機構退出市場。 

我國金融重建基金全額保障之過渡措施已於民國94年7月結束，為了順利使問題金融機構之處理回歸到存款保險之限額保障機制， 政府刻正修正存款保險條例等相關法規，建立包括強化存款保險理賠基金、實施立即糾正措施 (讓問題金融機構即時導正與順利退場機制)與系統性風險之彈性處理，以強化存款保險機制功能。 

再者，由於國際金融危機具有傳染作用，而國際存款保險機構協會(IADI)係提供存款保險國際合作之重要機制， 本公司業於民國91年加入該協會成為創始會員，並積極參與各項國際存款保險相關活動與資訊經驗交流， 期我國存款保險制度能掌握國內外經濟金融脈動，亦能師法先進國家典範俾與國際趨勢接軌，讓我國存款保險機制更臻完善。